Votei "Não", mas tenho motivo.
A maioria das modificações que você apresentou não aparentam que seja necessário criar um sistema do zero para implementá-las:
Excesso de regras: O excesso de regras existe para tornar o jogo mais realista, mas o aval final é sempre do narrador... Ele quem decide se aquelas regras se aplicam ou não
Novas magias, novas classes/raças, diferenciações nas raças, sub-raças dos humanos: O que impede de criar isso tudo dentro do contexto de D&D? rs Os Orbashs não são um exemplo disso?
Modificação na batalha: Nesse caso, realmente um sistema de batalha deveria ser criado, pois qualquer alteração na fórmula já existente pode causar desestabilidade no jogo. Mas como você disse que são poucas, então talvez não tenha problemas...
Novos talentos: Novamente, pode criar isso tudo dentro do contexto de D&D. Os suplementos são exatamente isso, oras XD
Perícias: Uma coisa que pode desestabilizar também, mas pelo o motivo que você me apresentou, eu tenho uma simples solução: Não faça tantos testes rs. Use mais o bom senso, quando for necessário... Uma pessoa com graduação em Sobrevivência, precisa rolar um teste para saber qual a estação de acasalemento dos coelhos? Um que tem em acrobacia, precisa fazer um teste para pular de uma mesa a outra? (próximas, claro rs)
Mexer no panteão: Pode ser criado no contexto também... Por quê não? Eu até encorajo. Deuses próprios da um tom de realidade à campanha.
Sistema de proteção: Gostei da idéia, mas também pode ser feita no contexto de D&D rs.
Pra fechar, o que eu to achando que você quer fazer mesmo é um SUPLEMENTO. Um Complete Xänber da vida rs. Continua usando o D&D 3.5, mas colocando todas as alterações que você considera necessárias. No mais, se insistir em fazer um sistema novo, eu gostaria de fazer parte rs. Só pense bem se é isso mesmo que você quer.